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类器官外显子测序
时间：2025-09-12浏览次数：107
患者来源的肿瘤类器官必须保持来源组织的基因组、转录组、形态学和功能特征。因此，通过与来源组织的组织学和免疫组化特征、转录组学以及基因组学进行比较，对肿瘤类器官的验证非常重要。肿瘤类器官的细胞组织、组织结构和蛋白表达模式可以很容易地与来源癌症进行比较。同样，类器官的基因表达谱应该与其来源的肿瘤相似。这已经在许多肿瘤类型的RNA-seq中得到证实。最后，重要的是要确认肿瘤类器官是否在基因组水平上与患者肿瘤发生了分歧。一些研究表明，类器官和母体组织在突变和拷贝数变异方面是一致的。更大程度的差异可能归因于肿瘤内的空间异质性和抽样偏差：肿瘤可能具有空间多样性，从特定部位产生的类器官可能缺乏远端区域的代表性。除了这种拓扑学问题，培养条件可能有助于选择特定的克隆，随着时间的推移可能改变或减少克隆性。
当长期培养时，肿瘤类器官的验证就更加关键。虽然一些研究报告了分子特征可以在长期培养中保持，但其他研究观察到连续传代后的肿瘤演变。例如，肝癌类器官的外显子组测序显示，突变一致性从培养不到2个月的类器官的92%下降到超过4个月的类器官的80%。从微卫星不稳定肿瘤建立的大肠癌类器官在长期培养后比稳定肿瘤有更高的新生突变。观察到的一些差异可能归因于不同的克隆和亚克隆在培养中如何适应和扩大。使用500个癌症相关基因的深度靶向测序，表明保留了干突变，而亚克隆突变随着每一代的突变变化而获得或失去。大多数突变和拷贝数变异在肺癌类器官的晚期传代中保留下来，而新生突变可归因于原发肿瘤中小亚群细胞的亚克隆扩增。总的来说，这些研究表明，在长期培养的类器官中可能发生遗传漂变，影响其作为功能和药物发现研究模型的可靠性。这重申了在肿瘤类器官建立、表征和测试中验证的重要性。最后，正常组织污染是建立肿瘤类器官的一个问题，在验证患者来源模型时应予以解决。正常细胞的存在可以通过组织学比较和免疫组化以及测序来估计。类器官作为一种基于细胞的工程模型，可以再现相关生理结构和功能，在基础研究和临床应用方面都显示出巨大的潜力。
