Shotgun文库构建

时间:2021-09-28浏览次数:978

. SMART cDNA 文库构建 
以总RNA为模板,采用SMART方法将mRNA在体外反转录成cDNA,与适当质粒载体连接后转化受体菌,则每个细菌含有一段cDNA,并能繁殖扩增,这种包含着细胞全部mRNA信息的cDNA克隆群体称为某组织或细胞的cDNA文库。晶莱生物具有众多的SMART cDNA文库构建成功案例,可以构建不同材料来源的cDNA文库。
 
文库特点 
1. 材料用量少:只需1 μg总RNA。
2. 全长比率高:采用Clontech SMART专利技术,全长比率一般在30%以上。
3. 实验周期短:最快2~3周即可完成整个文库构建。
 
提供结果 
1. 产物电泳图谱
2. 文库连接液,保存于-20℃
3. 文库评价数据,包括库容量,插入片段平均长度,重组效率,cDNA完整性评价等
4. 实验报告
 
应用领域 
1. 物种种质资源开发与保护
2. 物种遗传功能分析
3. 基因克隆与表达
4. 新基因的发现
5. 功能基因的筛选
 
. 抑制性消减杂交 cDNA 文库技术( SSH  
抑制性消减杂交文库技术结合了抑制消减杂交、基因文库和斑点杂交等多种技术,能高效筛选出差异表达基因。与传统的DD-PCR、SAGE及cDNA-RDA等技术相比,具有低丰度mRNA富集率高、假阳性低、灵敏度高、重复性好等特点。该技术尤其适用于Genome尚不完全清晰的物种及某些特殊生物材料的研究。

服务项目 
1. Clontech SSH文库(差异基因片段文库)
2. cDNA消减文库(差异基因cDNA文库)
3. SMART cDNA消减文库(差异基因全长cDNA文库)

技术特点 
1. 只需要0.5~2 μg的mRNA或最低只需50ng的总RNA。
2. 可以在物种遗传信息未知的情况下,进行多样本差异基因高通量筛选,尤其适用于非模式生物(植物\昆虫\鱼类等)的研究。具有通量差异的基因以克隆形式得以保存,便于后续研究(测序、RACE、引物设计等)。

提供结果 
1. SSH差减文库(PCR产物)
2. 逆向斑点杂交筛选到的差异表达基因的实物克隆及序列信息(如合作伙伴要求测序)
3. 实验报告:构建过程说明、图片、质控信息

. 均一化 cDNA 文库构建 
构建均一化cDNA文库,使文库中各表达基因所对应的cDNA拷贝数相等或接近,能有效克服基因转录水平上的巨大差异给文库筛选和分析带来的障碍,有利于研究基因的表达和序列分析。通过构建均一化文库,以获得更全面的基因信息,可以节省大量的测序费用,性价比高。晶莱生物采用先进的cDNA文库均一化技术,能减少高丰度表达基因10~100倍,有效富集低丰度表达基因,从而大大降低了数据冗余率。

文库特点 
1. 材料用量少,文库构建只需1μg总RNA。
2. 技术成熟,均一化程度高,无需反复杂交过程。
3. 均一化过程对插入片段大小无明显影响。
4. 均一化后,减低高丰度表达基因10~100倍。

提供结果 
1. 文库连接液,保存在-20℃ 
2. 实验报告:文库评价数据(库容量,插入片段平均长度,重组效率,cDNA完整性评价, 冗余度评价)、实验流程、产物电泳图谱及均一化前后管家基因对比图

晶莱生物服务流程


晶莱生物实验服务项目

动物实验细胞生物学病理实验
消化系统模型细胞培养病理染色
胃酸分泌模型普通细胞株HE染色
脓毒症模型细胞缺氧培养油红O染色
胃溃疡模型细胞培养+支架番红固绿染色
胰腺炎模型干细胞培养Masson染色
肝纤维化模型原代细胞分离/提取/培养天狼猩红染色
DIO肥胖模型细胞转染/病毒感染PAS糖原染色
胆结石模型Trans well共培养阿利新蓝染色
结肠炎(UC)模型细胞增殖甲苯胺蓝染色
脂肪肝模型细胞计数尼氏染色
急性肝损伤模型生长曲线测定LFB髓鞘染色
免疫、代谢系统疾病模型存活曲线测定普鲁士蓝染色
骨质疏松模型ccK-8增殖检测VG染色
糖尿病模型MTT增殖检测EVG染色
高尿酸血症模型CFSE检测增殖-流式检测VonKossa染色
呼吸系统模型BrDU检测-免疫荧光法刚果红染色
肺纤维化模型细胞凋亡苏丹黑B染色
慢性肺阻塞模型Annexin V/PI流式检测细胞凋亡Trap染色
急性肺损伤模型WB检测凋亡相关蛋白抗酸染色
哮喘模型透射电镜观察凋亡小体革兰氏染色
肺栓塞模型Tunel染色(POD法,DAB显色)AB-PAS染色
支气管炎模型Tunel(荧光法,含试剂盒)亚甲基蓝染色
泌尿生殖系统模型DNA ladder法苯胺蓝染色
慢性肾衰模型细胞周期荧光 DAPI染色
急性肾衰模型细胞显微计数普鲁士蓝染色
肾间质纤维化模型PI染色间苯二酚碱性品红染色
肾结石模型BrdU渗入法银染
肾炎模型免疫荧光染色黑色素染色
子宫内膜异位症模型PI流式检测细胞周期镀银染色
心血管系统模型细胞运动PASM 六胺银染色
冠心病模型Transwell检测细胞迁移VG染色
心肌梗死模型Transwell检测细胞侵袭富尔根染色
心脏骤停模型细胞划痕亚甲基蓝染色
慢性心力衰竭模型细胞克隆碘-碘化钾染色
动脉粥样硬化模型集落形成法/稀释铺板方法Goldner三色法染色
白血病模型软琼脂克隆法PAS-萘酚磺S染色
高血压模型毛细管克隆法改良苯酚品红染色
神经系统模型体外实验血管生成网状纤维染色
脑卒中模型磁珠分选细胞β-半乳糖苷酶染色
栓塞性脑梗死模型流式分选细胞镀银染色
脑出血模型开机费movat五色染色
脑损伤模型单色维多利亚蓝染色
脊髓损伤模型双色免疫组化
帕金森模型CBA多细胞因子流式检测免疫组化预式
老年痴呆模型组织/血液细胞制备免疫组化正式
应激模型组织单细胞制备免疫荧光(石蜡-单标)
骨骼疾病模型中性粒细胞提取免疫荧光(石蜡-双标)
骨折模型其他样本细胞制备(如血液等)免疫荧光(石蜡-三标)
骨缺损模型外周血PBMC分离免疫荧光(冰冻-单标)
风湿免疫性关节炎模型线粒体组学免疫荧光(冰冻-双标)
骨关节炎模型线粒体膜电位检测-流式法制片前处理
五官疾病模型线粒体膜电位检测-免疫荧光法石蜡组织包埋
眼科疾病模型线粒体ROS生物含量检测--流式特殊包埋(细胞、材料、眼球等)
鼻腔疾病模型线粒体ROS生物含量检测--免疫荧光软化(肝硬化、皮肤结痂、植物等)
皮肤疾病模型线粒体通透性转换孔(mPTP)骨组织脱钙(小)
皮肤损伤模型溶酶体免疫荧光法骨组织脱钙(大)
肿瘤疾病模型线粒体+溶酶体共定位骨组织EDTA脱钙(小)
原位瘤模型内质网骨组织EDTA脱钙(大)
转移瘤模型线粒体钙瞬时变化检测-流式石蜡白片
皮下植瘤模型ATP检测细胞爬片

ADP检测

AMP检测



流式DNA/RNA半定量检测基因编辑工具
组织细胞悬液处理pcr检测mRNA合成(3保1)片段/质粒/引物合成
细胞处理microRNA检测质粒载体构建
血液标本处理LncRNA表达量的检测过表达腺病毒载体构建包装
细胞刺激培养CirRNA表达量的检测shRNA腺病毒载体构建包装
单色检测凝胶电泳过表达慢病毒载体构建包装
双色检测基因合成shRNA慢病毒载体构建包装
Annexin V/PI凋亡<300过表达腺相关病毒载体构建包装
细胞周期300-1,500shRNA腺病毒载体构建包装

1500 - 5000稳转细胞株

>5000

特殊序列



ELISAWBqPCR
组织匀浆处理蛋白提取及定量一RNA抽提
ELISA(不含试剂盒)48T/kitWB检测一(10孔膜/指标)mRNA引物设计及合成
ELISA(不含试剂盒)96T/kit灰度值分析及作图一(10孔膜/指标)miRNA引物设计及合成
ELISA(含国产试剂盒)48T/kit蛋白提取及定量二LncRNA引物设计及合成
ELISA(含国产试剂盒)96T/kitWB检测二(10孔膜/指标)CircRNA引物设计及合成

灰度值分析及作图二(10孔膜/指标)mRNA RT-qPCR


miRNA RT-qPCR


LncRNA RT-qPCR


CircRNA RT-qPCR



收费标准/服务周期/提供结果:
欢迎咨询详谈,我们会根据您的方案及需求制定详细的服务协议。
更多实验技术服务请浏览网站其他内容,或来电咨询!

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